- a -

• add_bond() : BTK
• align_centers() : BTK
• atom_index_to_element_index() : BTK::ATOM
• atom_index_to_pdbname() : BTK::ATOM

- b -

• bond_distance_4() : BTK
• btk_atom_index_to_charmm_index() : BTK::CHARMM
• build() : BTK
• build_atom() : BTK
• build_atom_iter() : BTK::Internal
• build_atom_traceback() : BTK::Internal

- c -

• cache_bond_distance_4() : BTK::Internal
• cache_bond_distance_4_iter() : BTK::Internal
• center() : BTK
• center_of_mass() : BTK
• cosine_vector_angle() : BTK
• create_rotation_matrix() : BTK
• cross() : BTK

- d -

• default_assert_handler() : BTK::debug
• diagonalize_symmetric() : BTK

- e -

• eat_whitespace() : BTK::internal
• exposed_fraction() : BTK_Internal

- f -

• for_each_buildable_atom() : BTK
• for_each_buildable_atom_iter() : BTK::Internal

- g -

• get_rmsd() : BTK
• get_surface_values() : BTK_Internal
• get_total_sasa() : BTK
• get_total_sasa_solvation_energy() : BTK
• get_trivial_rmsd() : BTK

- i -

• index_to_name1() : BTK::GROUP
• index_to_name3() : BTK::GROUP
• initialize_rotation_matrix() : BTK

- l -

• leastsquares_superposition() : BTK
• length() : BTK

- m -

• make_predicate_iterator() : BTK

- n -

• name() : BTK::ELEMENT
• name3_to_index() : BTK::GROUP
• new_vector() : BTK
• normalize() : BTK

- o -

• operator<<() : BTK
• overlap() : BTK_Internal

- p -

• pdbname_to_atom_index() : BTK::ATOM
• point_angle() : BTK
• point_dihedral() : BTK
• principal_axes() : BTK
• print_pdb_atom_line() : BTK
• project() : BTK
• project_normal() : BTK

- r -

• restricted_rotate() : BTK
• rotate() : BTK

- s -

• sasa_radius() : BTK::ELEMENT
• set_atom_selection() : BTK
• set_vector_from_dihedral() : BTK
• set_vector_from_two_angles() : BTK
• setup_rmsd() : BTK::Internal
• subtract_atomic_overlap() : BTK_Internal

- t -

• transform() : BTK
• translate() : BTK

- v -

• vector_angle() : BTK
• vector_dihedral() : BTK

- w -

• within_sqr_dist() : BTK

---